फिर आई बारी 2013 चैंपियंस ट्रॉफी की। भारत 2002 में श्रीलंका के साथ संयुक्त रूप से ये खिताब जीत चुका था, लेकिन धोनी टीम को चैंपियन बनता देखना चाहते थे। उनकी अगुवाई में टीम ने इस टूर्नामेंट के फाइनल में 23 जून को इंग्लैंड को 5 रनों से हराया। इसी के साथ धोनी वर्ल्ड क्रिकेट के पहले ऐसे कप्तान बने जिसने आईसीसी के सभी खिताब जीते थे।